Tīrs ūdens ir svarīgs gan cilvēka veselībai un labklājībai, gan dabīgajām ekosistēmām, tāpēc ūdens kvalitātes nodrošināšana ir viens no Eiropas vides politikas pamatprincipiem. Eiropā lielākais ūdens difūzā piesārņojuma avots ar augu barības vielām ir organisko un ķīmisko mēslošanas līdzekļu izmantošana intensīvajā lauksaimniecībā.
Zemkopības ministrija savas kompetences ietvaros piedalās Baltijas jūras vides aizsardzības komisijas HELCOM aktivitātēs, tostarp darba grupās, informācijas apmaiņā un sadarbībā ar citām Baltijas jūras reģiona valstīm. Svarīga šo aktivitāšu daļa ir pasākumi eitrofikācijas mazināšanai un ūdens kvalitātes uzlabošanai.
Zemkopības ministrija līdzdarbojas arī pasākumu un pētījumu ietekmes izvērtēšanā uz ūdens kvalitāti, tostarp pētot augsnes kaļķošanas un minerālmēslojuma devu ietekmi uz barības vielu zudumiem no lauksaimniecības zemēm.
Informācija par Zemkopības ministrijas atbalstītajiem pētījumiem un to rezultātiem pieejama sadaļā "Nozares pētījumi ar valsts finansējuma atbalstu".
Padomes 1991.gada 12.decembra Direktīva Nr.91/676/EEK attiecībā uz ūdeņu aizsardzību pret piesārņojumu, ko rada lauksaimnieciskas izcelsmes nitrāti (Nitrātu direktīva) ir viens no pirmajiem Eiropas Savienības tiesību aktiem par piesārņojuma kontrolēšanu un ūdens kvalitātes uzlabošanu. Nitrātu direktīva ir izstrādāta, lai aizsargātu Eiropas ūdens kvalitāti, novēršot gruntsūdeņu un virszemes ūdeņu piesārņojumu, ko izraisa lauksaimnieciskās izcelsmes nitrāti, un atbalstot labu lauksaimniecības praksi.
Latvija ir pārņēmusi Nitrātu direktīvas prasības likumā «Par piesārņojumu» un attiecīgi ar 2014.gada 23.decembra Ministru kabineta noteikumiem Nr.834 „Noteikumi par ūdens un augsnes aizsardzību no lauksaimnieciskās darbības izraisītā piesārņojuma ar nitrātiem” un 2014.gada 23.decembra noteikumiem Nr.829 „Īpašās prasības piesārņojošo darbību veikšanai dzīvnieku novietnēs”.
MK noteikumos Nr.834 ir noteiktas vispārējas prasības mēslošanas līdzekļu lietošanai valstī un pastiprinātas prasības to lietošanai Īpaši jutīgajā teritorijā (ĪJT), kā arī noteiktas esošo ĪJT robežas un kritēriji to noteikšanai.
MK noteikumos Nr. 829 ir noteiktas prasības kūtsmēslu savākšanai un uzglabāšanai.
1999. gadā un 2008. gadā Latvijā tika izstrādāti Labas lauksaimniecības prakses nosacījumi, lai izpildītu Nitrātu direktīvas noteikto uzdevumu katrai ES dalībvalstij izstrādāt praktiska padomu un rekomendāciju kopumu, ko lauksaimnieki īstenotu pēc brīvprātības principa un kas aptvertu galvenās lauksaimniecības jomas, kuras var radīt ūdens, gaisa vai augsnes piesārņojumu.